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Elemento nucleare intervallato corto

Gli elementi nucleari intervallati corti ( SINE ) sono elementi trasmissibili ( TE ) non autonomi e non codificanti che hanno una lunghezza compresa tra 100 e 700 coppie di basi. Sono una classe di retrotrasposoni, elementi di DNA che si amplificano attraverso i genomi eucariotici, spesso attraverso intermedi di RNA.

Le regioni interne dei SINE provengono dal tRNA e rimangono altamente conservate, il che suggerisce una pressione positiva per preservare la struttura e la funzione dei SINE. Mentre i SINE sono presenti in molte specie di vertebrati e invertebrati, i SINE sono spesso specifici per lignaggio, rendendoli utili marcatori di evoluzione divergente tra le specie. La variazione del numero di copie e le mutazioni nella sequenza SINE consentono di costruire filogenesi in base alle differenze di SINE tra le specie. I SINE sono anche implicati in alcuni tipi di malattie genetiche nell'uomo e in altri eucarioti.

In sostanza, elementi nucleari intervallati brevi sono parassiti genetici che si sono evoluti molto presto nella storia degli eucarioti per utilizzare macchinari proteici all'interno dell'organismo e cooptare i macchinari da elementi genomici parassiti simili. La semplicità di questi elementi li rende incredibilmente efficaci nel persistere e nell'amplificare (attraverso la retrotrasposizione) all'interno dei genomi degli eucarioti. Questi "parassiti" che sono diventati onnipresenti nei genomi possono essere molto deleteri per gli organismi come discusso di seguito. Tuttavia, gli eucarioti sono stati in grado di integrare elementi nucleari intervallati in diverse vie di segnalazione, metaboliche e regolatorie e sono diventati una grande fonte di variabilità genetica. Sembrano svolgere un ruolo particolarmente importante nella regolazione dell'espressione genica e nella creazione di geni RNA, come discusso in Sines and Gene-Regulation. Questo regolamento si estende alla riorganizzazione della cromatina e alla regolazione dell'architettura genomica; inoltre, i diversi lignaggi, mutazioni e attività tra gli eucarioti rendono gli elementi nucleari intervallati uno strumento utilissimo nell'analisi filogenetica.

Classificazione e struttura

I SINE sono classificati come retrotrasposoni non LTR perché non contengono ripetizioni terminali lunghe (LTR). Esistono tre tipi di SINE comuni ai vertebrati e agli invertebrati: CORE-SINE, V-SINE e AmnSINE. I SINE hanno 50-500 regioni interne di coppie di basi che contengono un segmento derivato dal tRNA con scatole A e B che fungono da promotore interno per l'RNA polimerasi III.

Struttura interna

I SINE sono caratterizzati dai loro diversi moduli, che sono essenzialmente un sezionamento della loro sequenza. I SINE possono, ma non devono necessariamente possedere una testa, un corpo e una coda. La testa, è all'estremità 5 'di elementi nucleari intervallati corti ed è derivata evolutivamente da un RNA sintetizzato dall'RNA Polimerasi III come RNA ribosomiale e tRNA; la testa 5 'è indicativa di quale elemento endogeno da cui SINE è stato derivato ed è stato in grado di utilizzare parassiticamente il suo meccanismo trascrizionale. Ad esempio, il 5 'di seno di alluminio è derivato da 7SL RNA, una sequenza trascritta da RNA Polymerase III che codifica per l'elemento RNA di SRP, un'abbondante ribonucleoproteina. Il corpo dei SINE possiede un'origine sconosciuta ma spesso condivide molta omologia con una LINE corrispondente che consente così ai SINE di cooptare parassiticamente le endonucleasi codificate dalle LINE (che riconoscono determinati motivi di sequenza). Infine, la coda 3 'di SINE è composta da brevi ripetizioni semplici di varia lunghezza; queste semplici ripetizioni sono siti in cui due (o più) elementi nucleari intervallati possono combinarsi per formare un SINE dimmerico. Gli elementi nucleari intervallati che non possiedono solo una testa e una coda sono chiamati semplici SINE, mentre gli elementi nucleari intervallati che possiedono anche un corpo o sono una combinazione di due o più SINE sono SINE complessi.

Trascrizione

Gli elementi nucleari a breve distanza sono trascritti dall'RNA polimerasi III, che è noto per trascrivere l'RNA ribosomiale e il tRNA, due tipi di RNA vitali per l'assemblaggio ribosomiale e la traduzione dell'mRNA. I SINE, come i tRNA e molti piccoli RNA nucleari, possiedono un promotore interno e quindi sono trascritti in modo diverso rispetto alla maggior parte dei geni codificanti le proteine. In altre parole, gli elementi nucleari intervallati hanno i loro principali elementi promotori all'interno della stessa regione trascritta. Sebbene trascritti da RNA polimerasi III, SINE e altri geni che possiedono promotori interni, reclutano diversi macchinari e fattori trascrizionali rispetto ai geni che possiedono promotori a monte.

Effetti sull'espressione genica

I cambiamenti nella struttura cromosomica influenzano l'espressione genica principalmente influenzando l'accessibilità dei geni alle macchine trascrizionali. Il cromosoma ha un sistema molto complesso e gerarchico di organizzazione del genoma. Questo sistema di organizzazione, che comprende istoni, gruppi metilici, gruppi acetilici e una varietà di proteine ​​e RNA, consente a diversi domini all'interno di un cromosoma di essere accessibili a polimerasi, fattori di trascrizione e altre proteine ​​associate a diversi livelli. Inoltre, la forma e la densità di alcune aree di un cromosoma possono influenzare la forma e la densità delle regioni vicine (o anche distanti) sul cromosoma attraverso l'interazione facilitata da diverse proteine ​​ed elementi. Gli RNA non codificanti come elementi nucleari intervallati, che sono noti per associarsi e contribuire alla struttura della cromatina, possono quindi svolgere un ruolo enorme nella regolazione dell'espressione genica. Ad esempio, è noto che lunghi RNA non codificanti aiutano ad avviare l'espressione di Ubx dirigendo la proteina Ash1 verso elementi regolatori all'interno del set genico Hox; Ash1 modifica la struttura della cromatina in modo da aumentare l'espressione di Ubx. Allo stesso modo, elementi nucleari intervallati possono essere coinvolti nella regolazione genica modificando l'architettura genomica.

In effetti Usmanova et al. Il 2008 ha suggerito che elementi nucleari intervallati possono servire da segnali diretti nel riarrangiamento e nella struttura della cromatina. L'articolo ha esaminato la distribuzione globale dei SINE nei cromosomi di topo e umani e ha determinato che questa distribuzione era molto simile alle distribuzioni genomiche di geni e motivi CpG. La distribuzione di SINE ai geni era significativamente più simile a quella di altri elementi genetici non codificanti e differiva in modo significativo anche dalla distribuzione di elementi nucleari intervallati da lungo tempo. Ciò ha suggerito che la distribuzione SINE non era un semplice incidente causato dalla retrotrasposizione mediata da LINE ma piuttosto che i SINE avevano un ruolo nella regolazione genica. Inoltre, i SINE contengono frequentemente motivi per le proteine ​​polifoniche YY1. YY1 è una proteina del dito di zinco che funge da repressore trascrizionale per un'ampia varietà di geni essenziali per lo sviluppo e la segnalazione. Si ritiene che la proteina Polycomb YY1 medii l'attività delle istone deacetilasi e istone acetiltransferasi per facilitare la riorganizzazione della cromatina; questo è spesso per facilitare la formazione dell'eterocromatina (stato di silenziamento genico). Pertanto, l'analisi suggerisce che gli elementi nucleari intervallati possono funzionare come un "booster di segnale" nel silenziamento poligono-dipendente di insiemi genici attraverso la riorganizzazione della cromatina. In sostanza, è l'effetto cumulativo di molti tipi di interazioni che porta alla differenza tra l'eucromatina, che non è strettamente imballata e generalmente più accessibile ai macchinari trascrizionali, e l'eterocromatina, che è strettamente imballata e generalmente non accessibile ai macchinari trascrizionali; I SINE sembrano svolgere un ruolo evolutivo in questo processo.

Oltre a influire direttamente sulla struttura della cromatina, esistono diversi modi in cui i SINE possono potenzialmente regolare l'espressione genica. Ad esempio, l'RNA lungo non codificante può interagire direttamente con i repressori e gli attivatori trascrizionali, attenuando o modificando la loro funzione. Questo tipo di regolazione può avvenire in diversi modi: la trascrizione dell'RNA può legarsi direttamente al fattore di trascrizione come co-regolatore; inoltre, l'RNA può regolare e modificare la capacità dei co-regolatori di associarsi al fattore di trascrizione. Ad esempio, Evf-2, un certo lungo RNA non codificante, è noto per funzionare come co-attivatore di alcuni fattori di trascrizione homeobox che sono fondamentali per lo sviluppo e l'organizzazione del sistema nervoso. Inoltre, le trascrizioni di RNA possono interferire con la funzionalità del complesso trascrizionale interagendo o associandosi con le RNA polimerasi durante i processi di trascrizione o caricamento. Inoltre, RNA non codificanti come SINE possono legarsi o interagire direttamente con il DNA duplex codificante il gene e quindi prevenirne la trascrizione.

Inoltre, molti RNA non codificanti sono distribuiti vicino a geni codificanti proteine, spesso nella direzione opposta. Ciò è particolarmente vero per gli elementi nucleari intervallati come visto in Usmanova et al. Questi RNA non codificanti, che si trovano adiacenti o si sovrappongono a gruppi di geni, forniscono un meccanismo mediante il quale è possibile reclutare fattori e macchinari di trascrizione per aumentare o reprimere la trascrizione dei geni locali. Il particolare esempio di SINE che potenzialmente recluta il repressore trascrizionale polycomb YY1 è discusso sopra. In alternativa, fornisce anche un meccanismo attraverso il quale l'espressione genica locale può essere ridotta e regolata perché i complessi trascrizionali possono ostacolare o impedire la trascrizione dei geni vicini. Esistono ricerche per suggerire che questo fenomeno è particolarmente visibile nella regolazione genica delle cellule pluripotenti.

In conclusione, RNA non codificanti come SINE sono in grado di influenzare l'espressione genica su una moltitudine di livelli diversi e in modi diversi. Si ritiene che elementi nucleari intervallati siano profondamente integrati in una complessa rete regolatrice in grado di perfezionare l'espressione genica attraverso il genoma eucariotico.

Propagazione e regolamentazione

L'RNA codificato dall'elemento nucleare intervallato breve non codifica per alcun prodotto proteico ma è comunque trascritto inverso e reinserito in una regione alternativa nel genoma. Per questo motivo, si ritiene che elementi nucleari intervallati corti si siano evoluti congiuntamente a elementi nucleari intervallati lunghi (LINE), in quanto le LINE codificano infatti prodotti proteici che consentono loro di essere trascritti inversi e integrati nuovamente nel genoma. Si ritiene che SINE abbia cooptato le proteine ​​codificate da LINEs che sono contenute in 2 frame di lettura. Open reading frame 1 (ORF 1) codifica una proteina che si lega all'RNA e funge da chaperone per facilitare e mantenere la struttura complessa LINEA proteina-RNA. La lettura aperta del frame 2 (ORF 2) codifica una proteina che possiede sia attività endonucleasiche che trascrittasi inversa. Ciò consente all'mRNA LINE di essere trascritto inverso nel DNA e integrato nel genoma in base ai motivi di sequenza riconosciuti dal dominio dell'endonucleasi della proteina.

LINE-1 (L1) è trascritto e retrotrasposto più frequentemente nella linea germinale e durante lo sviluppo iniziale; di conseguenza i SINE si muovono maggiormente nel genoma durante questi periodi. La trascrizione SINE è down-regolata da fattori di trascrizione nelle cellule somatiche dopo uno sviluppo precoce, sebbene lo stress possa causare l'up-regolazione di SINE normalmente silenziose. I SINE possono essere trasferiti tra individui o specie tramite trasferimento orizzontale attraverso un vettore virale.

È noto che i SINE condividono l'omologia delle sequenze con LINES, che fornisce una base con cui i macchinari LINE possono invertire la trascrizione e l'integrazione delle trascrizioni SINE. In alternativa, si ritiene che alcuni SINE utilizzino un sistema molto più complesso di integrazione nel genoma; questo sistema prevede l'uso di rotture casuali di DNA a doppio filamento (piuttosto che l'endonucleasi codificato da elementi nucleari intervallati a lungo correlati che creano un sito di inserzione). Queste rotture del DNA sono utilizzate per innescare la trascrittasi inversa, integrando alla fine la trascrizione SINE nel genoma. I SINE dipendono tuttavia da enzimi codificati da altri elementi del DNA e sono quindi noti come retrotrasposoni non autonomi in quanto dipendono dai macchinari delle LINEE, che sono noti come retrotrasposoni autonomi.

La teoria secondo cui gli elementi nucleari intervallati si sono evoluti per utilizzare il meccanismo di retrotrasposizione di elementi nucleari intervallati è supportata da studi che esaminano la presenza e la distribuzione di LINEE e SINE in taxa di specie diverse. Ad esempio, LINEE e SINE nei roditori e nei primati mostrano un'omologia molto forte sul motivo del sito di inserimento. Tali prove sono alla base del meccanismo proposto in cui l'integrazione della trascrizione SINE può essere cooptata con prodotti proteici codificati LINE. Ciò è specificamente dimostrato da un'analisi dettagliata di oltre 20 specie di roditori profilate LINEE e SINE, principalmente L1 e B1 rispettivamente; queste sono famiglie di LINEE e SINE che si trovano ad alte frequenze nei roditori insieme ad altri mammiferi. Lo studio ha cercato di fornire chiarezza filogenetica nel contesto dell'attività LINE e SINE.

Lo studio è arrivato a un taxa candidato ritenuto la prima istanza dell'estinzione di L1 LINE; si è scoperto che non ci sono prove che suggeriscono che l'attività S1 B1 si sia verificata in specie che non avevano attività L1 LINE. Inoltre, lo studio ha suggerito che il silenziamento di elementi nucleari intervallati da B1 si è effettivamente verificato prima dell'estinzione di elementi nucleari intervallati da lungo L1; ciò è dovuto al fatto che i SINE B1 sono messi a tacere nel genere più strettamente correlato al genere che non contiene LINEE L1 attive (sebbene il genere con silenziamento SINE B1 contenga ancora LINEE L1 attive). È stato anche trovato un altro genere che conteneva in modo simile elementi nucleari attivi L1 a lunga distanza, ma non conteneva elementi nucleari a breve distanza B1; non è stato trovato lo scenario opposto, in cui erano presenti SINE B1 attivi in ​​un genere che non possedeva LINEE L1 attive. Questo risultato era previsto e supporta fortemente la teoria secondo cui i SINE si sono evoluti per cooptare le proteine ​​leganti l'RNA, le endonucleasi e le trascrittasi inverse codificate da LINEs. Nei taxa che non trascrivono e traducono attivamente prodotti proteici con elementi nucleari a lunga distanza, i SINE non hanno le basi teoriche attraverso le quali ritracciare all'interno del genoma. I risultati ottenuti in Rinehart et al. sono quindi molto favorevoli all'attuale modello di retrotrasposizione SINE.

Effetti della trasposizione SINE

L'inserimento di un SINE a monte di una regione codificante può provocare la mescolanza dell'esone o cambiamenti nella regione regolatrice del gene. L'inserimento di un SINE nella sequenza codificante di un gene può avere effetti deleteri e la trasposizione non regolata può causare malattie genetiche. La trasposizione e ricombinazione di SINE e altri elementi nucleari attivi è considerata uno dei maggiori contributi della diversità genetica tra lignaggi durante la speciazione.

SINE comuni

Si ritiene che elementi nucleari intervallati abbiano origini parassitarie nei genomi eucariotici. Questi SINE si sono mutati e si sono replicati un numero incredibile di volte su una scala temporale evolutiva e quindi formano molti lignaggi diversi. La loro origine evolutiva precoce li ha resi onnipresenti in molti lignaggi eucariotici.

Gli elementi in alluminio, elemento nucleare intervallato da circa 300 nucleotidi, sono il SINE più comune nell'uomo, con> 1.000.000 di copie in tutto il genoma, che rappresenta oltre il 10 percento del genoma totale; questo non è raro tra le altre specie. Le differenze del numero di copie dell'elemento Alu possono essere utilizzate per distinguere e costruire filogenesi di specie di primati. I canini differiscono principalmente per l'abbondanza di ripetizioni di SINEC_Cf in tutto il genoma, piuttosto che per altre mutazioni a livello di gene o allele. Questi SINE specifici per cane possono codificare per un sito di accettore di giunzione, alterando le sequenze che appaiono come esoni o introni in ogni specie.

Malattie

Esistono> 50 malattie umane associate a SINE. Quando inseriti vicino o all'interno dell'esone, i SINE possono causare giunzioni improprie, diventare regioni codificanti o cambiare il frame di lettura, portando spesso a fenotipi di malattie nell'uomo e in altri animali. L'inserimento di elementi in alluminio nel genoma umano è associato a carcinoma mammario, tumore del colon, leucemia, emofilia, malattia di Dent, fibrosi cistica, neurofibromatosi e molti altri.

microRNA

Il ruolo degli elementi nucleari intervallati nella regolazione genica all'interno delle cellule è stato supportato da numerosi studi. Uno di questi studi ha esaminato la correlazione tra una certa famiglia di SINE con microRNA (nel pesce zebra). La specifica famiglia di SINE esaminata era Anamnia V-SINE; questa famiglia di brevi elementi nucleari intervallati si trova spesso nella regione non tradotta dell'estremità 3 'di molti geni ed è presente nei genomi dei vertebrati. Lo studio ha coinvolto un'analisi computazionale in cui è stata esaminata la distribuzione genomica e l'attività degli Anamnia V-SINE nel Danio rerio zebrafish; inoltre, è stato analizzato il potenziale di questi V-SINE per generare nuovi loci di microRNA. È stato scoperto che i geni che erano previsti in possesso di V-SINE erano bersaglio di microRNA con valori E di ibridazione significativamente più alti (rispetto ad altre aree del genoma). I geni che presentavano elevati valori di E di ibridazione erano geni particolarmente coinvolti nei percorsi metabolici e di segnalazione. Quasi tutti i miRNA identificati per avere una forte capacità di ibridare con putativi motivi di sequenza V-SINE nei geni sono stati identificati (nei mammiferi) per avere ruoli regolatori. Questi risultati che stabiliscono una correlazione tra elementi nucleari a breve distanza e diversi microRNA regolatori suggeriscono fortemente che i V-SINE hanno un ruolo significativo nell'attenuare le risposte ai diversi segnali e stimoli correlati al metabolismo, alla proliferazione e alla differenziazione. Molti altri studi devono essere intrapresi per stabilire la validità e l'estensione del ruolo dei retrotrasposoni di elementi nucleari intervallati da brevi in ​​reti regolatorie di espressione genica. In conclusione, sebbene non si sappia molto sul ruolo e sul meccanismo con cui i SINE generano loci del gene miRNA, si comprende generalmente che i SINE hanno svolto un ruolo evolutivo significativo nella creazione di "geni RNA", ma questo è anche menzionato sopra nei SINE E pseudogeni.

Con tali prove che suggeriscono che elementi nucleari intervallati sono stati fonti evolutive per la generazione di loci di microRNA, è importante discutere ulteriormente le potenziali relazioni tra i due e il meccanismo con cui il microRNA regola la degradazione dell'RNA e, più in generale, l'espressione genica. Un microRNA è un RNA non codificante generalmente lungo 22 nucleotidi. Questo oligonucleotide codificante non proteico è esso stesso codificato da una sequenza di DNA nucleare più lunga solitamente trascritta dall'RNA polimerasi II, che è anche responsabile della trascrizione della maggior parte degli mRNA e degli snRNA negli eucarioti. Tuttavia, alcune ricerche suggeriscono che alcuni microRNA che possiedono elementi nucleari a monte a breve distanza sono trascritti dall'RNA polimerasi III, che è ampiamente implicato nell'RNA ribosomiale e nel tRNA, due trascrizioni fondamentali per la traduzione dell'mRNA. Ciò fornisce un meccanismo alternativo attraverso il quale elementi nucleari intervallati potrebbero interagire o mediare su reti di regolazione genica che coinvolgono microRNA.

Le regioni che codificano per il miRNA possono essere geni indipendenti dell'RNA che spesso sono anti-senso per i geni che codificano le proteine ​​vicine o che si trovano all'interno degli introni dei geni che codificano le proteine. La co-localizzazione di microRNA e geni codificanti proteine ​​fornisce una base meccanicistica mediante la quale microRNA regola l'espressione genica. Inoltre, Scarpato et al. rivela (come discusso sopra) che i geni previsti per possedere elementi nucleari intervallati corti (SINE) attraverso l'analisi della sequenza sono stati presi di mira e ibridati da microRNA significativamente più grandi di altri geni. Ciò fornisce un percorso evolutivo attraverso il quale i SINE parassiti sono stati cooptati e utilizzati per formare geni RNA (come i microRNA) che si sono evoluti per svolgere un ruolo in complesse reti di regolazione genica.

I microRNA sono trascritti come parte di filamenti di RNA più lunghi generalmente di circa 80 nucleotidi che attraverso accoppiamenti di base complementari sono in grado di formare strutture ad anello a forcina. Queste strutture sono riconosciute ed elaborate nel nucleo dalla proteina nucleare DiGeorge Syndrome Critical Region 8 (DGCR8) che recluta e associa alla proteina Drosha. Questo complesso è responsabile della scissione di alcune strutture a forcina dal pre-microRNA che viene trasportato nel citoplasma. Il pre-miRNA viene trasformato dal DICER proteico in un nucleotide a doppio filamento 22. Successivamente, uno dei trefoli viene incorporato in un complesso di silenziamento che induce l'RNA multi-proteina (RISC). Tra queste proteine ​​ci sono proteine ​​della famiglia Argonaute che sono fondamentali per la capacità del complesso di interagire e reprimere la traduzione dell'mRNA bersaglio.

Comprendere i diversi modi in cui il microRNA regola l'espressione genica, compresa la traduzione e la degradazione dell'mRNA, è la chiave per comprendere il potenziale ruolo evolutivo dei SINE nella regolazione genica e nella generazione di loci di microRNA. Questo, oltre al ruolo diretto di SINE nelle reti regolatorie (come discusso in SINE come RNA lunghi non codificanti) è cruciale per iniziare a comprendere la relazione tra SINE e alcune malattie. Diversi studi hanno suggerito che una maggiore attività SINE è correlata con alcuni profili di espressione genica e regolazione post-trascrizione di alcuni geni. In effetti, Peterson et al. Il 2013 ha dimostrato che un'elevata espressione di SNA RNA è correlata alla downregulation post-trascrizionale di BRCA1, un soppressore tumorale implicato in molteplici forme di cancro, vale a dire il cancro al seno. Inoltre, gli studi hanno stabilito una forte correlazione tra mobilizzazione trascrizionale di SINE e alcuni tumori e condizioni come l'ipossia; ciò può essere dovuto all'instabilità genomica causata dall'attività SINE e ad effetti più diretti a valle. I SINE sono stati anche coinvolti in innumerevoli altre malattie. In sostanza, elementi nucleari a breve distanza sono diventati profondamente integrati in innumerevoli percorsi regolatori, metabolici e di segnalazione e svolgono quindi un ruolo inevitabile nel causare la malattia. C'è ancora molto da sapere su questi parassiti genomici, ma è chiaro che svolgono un ruolo significativo all'interno degli organismi eucariotici.

SINE e pseudogeni

L'attività dei SINE ha tuttavia vestigia genetiche che non sembrano svolgere un ruolo significativo, positivo o negativo, e si manifestano nel genoma come pseudogeni. I SINE tuttavia non devono essere confusi con gli pseudogeni dell'RNA. In generale, gli pseudogeni vengono generati quando gli mRNA elaborati di geni codificanti proteine ​​vengono trascritti inversi e incorporati di nuovo nel genoma (gli pseudogeni RNA sono geni di RNA trascritti inversi). Gli pseudogeni sono generalmente privi di funzioni in quanto discendono da RNA elaborati indipendentemente dal loro contesto evolutivo che include introni e diversi elementi regolatori che consentono la trascrizione e l'elaborazione. Questi pseudogeni, sebbene non funzionali possano in alcuni casi possedere ancora promotori, isole CpG e altre caratteristiche che consentono la trascrizione; possono quindi ancora essere trascritti e possono avere un ruolo nella regolazione dell'espressione genica (come i SINE e altri elementi non codificanti). Gli pseudogeni differiscono quindi dai SINE in quanto derivati ​​dall'RNA funzionale trascritto, mentre i SINE sono elementi di DNA che si traspongono trascrivendo i geni dell'RNA. Tuttavia, ci sono studi che suggeriscono che elementi retro-trasponibili come elementi nucleari a breve distanza non sono solo in grado di copiarsi in regioni alternative del genoma, ma sono anche in grado di farlo anche per geni casuali. Pertanto i SINE possono svolgere un ruolo vitale nella generazione di pseudogeni, che a loro volta sono noti per essere coinvolti nelle reti di regolamentazione. Questo è forse un altro mezzo con cui i SINE sono stati in grado di influenzare e contribuire alla regolazione genica.