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Blot (biologia)

Una macchia , in biologia molecolare e genetica, è un metodo per trasferire proteine, DNA o RNA su un vettore (ad esempio una nitrocellulosa, polivinilidene fluoruro (PVDF) o membrana di nylon). In molti casi, ciò avviene dopo un'elettroforesi su gel, trasferendo le molecole dal gel sulla membrana assorbente e altre volte aggiungendo i campioni direttamente sulla membrana. Dopo il blotting, le proteine ​​trasferite, il DNA o l'RNA vengono quindi visualizzati mediante colorazione colorante (ad esempio, colorazione con argento delle proteine), visualizzazione autoradiografica di molecole marcate radioattive (eseguite prima della macchia) o marcatura specifica di alcune proteine ​​o acidi nucleici. Quest'ultimo è fatto con anticorpi o sonde di ibridazione che si legano solo ad alcune molecole della macchia e hanno un enzima unito ad esse. Dopo un corretto lavaggio, questa attività enzimatica (e quindi le molecole che cerchiamo nella macchia) viene visualizzata mediante incubazione con reattivo adeguato, rendendo un deposito colorato sulla macchia o una reazione chemiluminiscente che è registrata dal film fotografico.

Macchia del sud

Una macchia meridionale è un metodo comunemente usato nella biologia molecolare per il rilevamento di una specifica sequenza di DNA nei campioni di DNA. La Southern blotting combina il trasferimento di frammenti di DNA separati da elettroforesi su una membrana filtrante e il successivo rilevamento di frammenti mediante ibridazione della sonda.

Macchia occidentale

Una macchia occidentale viene utilizzata per il rilevamento di proteine ​​specifiche in campioni complessi. Le proteine ​​vengono prima separate per dimensione mediante elettroforesi prima di essere trasferite in una matrice di assorbimento appropriata (di solito PVDF o nitrocellulosa) e successiva rilevazione con anticorpi.

Macchia del Far-Western

Simile a una macchia Western, la macchia Far-Western utilizza interazioni proteina-proteina per rilevare la presenza di una specifica proteina immobilizzata su una matrice di assorbimento. Gli anticorpi vengono quindi utilizzati per rilevare la presenza del complesso proteina-proteina, rendendo la macchia Far-Western un caso specifico della macchia Western. .

Macchia sud-occidentale

Una macchia del sud-ovest si basa sulla macchia del sud e viene utilizzata per identificare e caratterizzare le proteine ​​leganti il ​​DNA in base alla loro capacità di legarsi a specifiche sonde oligonucleotidiche. Le proteine ​​vengono separate mediante elettroforesi su gel e successivamente trasferite su membrane di nitrocellulosa simili ad altri tipi di blotting.

Macchia orientale

La macchia orientale viene utilizzata per la rilevazione di specifiche modificazioni post-traduzionali delle proteine. Le proteine ​​vengono separate mediante elettroforesi su gel prima di essere trasferite in una matrice di assorbimento in seguito alla quale vengono rilevate modifiche post-traduzionali da substrati specifici (tossina colera, concanavalina, fosfomolibdato, ecc.) O anticorpi.

Macchia dell'Estremo-Oriente

La macchia dell'Estremo Oriente è per la rilevazione di oligosaccaridi lipidici. La cromatografia su strato sottile ad alte prestazioni viene inizialmente utilizzata per separare i lipidi in base a caratteristiche fisiche e chimiche, quindi trasferita su una matrice assorbente prima che gli oligosaccaridi vengano rilevati da una specifica proteina legante (ovvero anticorpi o lectine).

Macchia del Nord

La Northern blot è per il rilevamento di specifiche sequenze di RNA in campioni complessi. La Northern blotting separa innanzitutto i campioni per dimensione tramite elettroforesi su gel prima che vengano trasferiti su una matrice di assorbimento e rilevati con sonde RNA marcate.

Macchia nordica inversa

La macchia del nord inverso differisce dalla macchia del nord e del sud in quanto il DNA viene prima immobilizzato su una matrice di assorbimento e le sequenze specifiche vengono rilevate con sonde di RNA marcate.

Macchia di punti

Una macchia di punti è un caso speciale di una qualsiasi delle macchie di cui sopra in cui l'analita viene aggiunto direttamente alla matrice di assorbimento (e appare come un "punto") anziché separare il campione mediante elettroforesi prima dell'annullamento.

Elenco di macchie

  • Northern blot per RNA
  • Macchia nordica inversa per RNA
  • Macchia occidentale per proteine
  • Macchia Far-Western per interazioni proteina-proteina
  • Macchia orientale per modifica post-traduzionale
  • Macchia dell'Estremo Oriente per glicolipidi
  • Macchia di punti
  • Macchia meridionale per il DNA