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biopanning

Il biopanning è una tecnica di selezione di affinità che seleziona i peptidi che si legano a un determinato bersaglio. Tutte le sequenze di peptidi ottenute dal biopanning usando librerie combinatorie di peptidi sono state memorizzate in uno speciale database disponibile liberamente chiamato BDB. Questa tecnica viene spesso utilizzata anche per la selezione di anticorpi.

Il biopanning prevede 4 passaggi principali per la selezione dei peptidi. Il primo passo è preparare le librerie di visualizzazione dei fagi. Ciò comporta l'inserimento di segmenti genetici desiderati estranei in una regione del genoma del batteriofago, in modo che il prodotto peptidico venga visualizzato sulla superficie del virione del batteriofago. I più usati sono i geni pIII o pVIII del batteriofago M13. Il passaggio successivo è il passaggio di acquisizione. Implica la coniugazione della libreria dei fagi con l'obiettivo desiderato. Questa procedura è denominata panning. Utilizza le interazioni di legame in modo che solo i peptidi specifici presentati dal batteriofago siano legati al bersaglio. Ad esempio, selezionando l'anticorpo presentato da batteriofago con antigene rivestito in piastre di microtitolazione.

La fase di lavaggio viene dopo la fase di cattura per lavare via i fagi non legati dalla superficie solida. Vengono mantenuti solo i fagi legati con forte affinità. La fase finale prevede la fase di eluizione in cui i fagi legati vengono eluiti attraverso il cambiamento di pH o altre condizioni ambientali.

Il risultato finale è che i peptidi prodotti dal batteriofago sono specifici. I fagi filamentosi risultanti possono nuovamente infettare i batteri Gram-negativi per produrre librerie di fagi. Il ciclo può verificarsi più volte con una forte affinità che lega i peptidi al bersaglio.